La Autoridad Nacional de Aduanas cuenta con una organización administrativa estructural de acuerdo al Decreto Ley N°1 de 13 febrero de 2008, que establece las zonas regionales Nor-occidental (Bocas del Toro), Occidental (Chiriqui), Central y Azuero (Los Santos, Herrera, Veraguas, Coclé), Área Económica (Panamá Pacifico), Oriental (Prov. de Panamá); Aeroportuaria (Tocumen), Norte (Colón).
En este primer año de gestión la Zona Central y Azuero ha tenido una gran participación ciudadana al ser una de las instituciones más activas junto a la Gobernación en la distribución del plan Panamá Solidario beneficiando a personas de escasos recursos de los 7 corregimientos de la provincia de Herrera en medio de la pandemia que se está viviendo.
También se ha promocionado el trabajo de la institución como ente fiscalizador de mercancías, cargas y del pago correcto de los impuestos que corresponden así como la detección de casos donde se infringe el delito de falsificación de mercancías.
En la Zona Oriental se dio inicio a la adecuación y mejoras en los procedimientos de cada una de las secciones de aforo en los distintos recintos, se fortaleció la presencia institucional en temas de interés nacional y se aplicó de forma eficaz las medidas de estado de emergencia relacionadas con el Covid 19.
Mientras en la Zona Noroccidental en este periodo los esfuerzos se han enfocado en fortalecer la fiscalización en la zona fronteriza que ha dado con el decomiso de productos agropecuarios y mercancía variada, también se ha gestionado el reacondicionamiento de algunas áreas de trabajo.
